Các máy móc như máy chiết rót được thiết kế để có tuổi thọ dài, tuy nhiên, nếu không được bảo dưỡng đúng cách thì những máy này sẽ tự hư hỏng theo thời gian. Trước hết, việc bảo trì mang tính thông thường—chẳng hạn như vệ sinh hàng ngày—là cần thiết khi vận hành và bảo quản thiết bị. Điều quan trọng là phải giữ cho các bộ phận máy luôn nguyên vẹn và không dính bụi bẩn hay dầu mỡ. Tương tự vậy, cần làm sạch phễu nạp liệu (hoppers) và đầu chiết rót trước khi tiến hành chiết rót bất kỳ sản phẩm nào, bởi vì trên bề mặt không được tồn tại bất kỳ sản phẩm dư thừa nào có thể gây nhiễm bẩn trong quá trình sản xuất. Ngoài ra, việc thực hiện vệ sinh định kỳ băng tải và cảm biến cũng rất hữu ích và được khuyến nghị nhằm ngăn ngừa các vật thể lạ làm gián đoạn hoạt động bình thường cũng như độ chính xác của máy móc.
Khía cạnh thứ hai là bảo trì bôi trơn, giúp giảm thiểu đáng kể tình trạng mài mòn và hao mòn của máy móc. Người vận hành cần thực hiện việc bôi trơn định kỳ cho tất cả các bộ phận chuyển động như xích, bánh răng, ổ bi, v.v. của máy chiết rót, đồng thời sử dụng loại dầu bôi trơn phù hợp nhất với thiết bị nhằm ngăn ngừa hư hỏng do sử dụng sai loại dầu. Vì việc bôi trơn định kỳ các bộ phận chuyển động của máy như xích, bánh răng hoặc ổ bi là bắt buộc, nên việc kiểm tra các bộ phận khác cũng cần được thực hiện một cách tương đương. Cần kiểm tra các bu-lông và đai ốc để phát hiện dấu hiệu bị tháo mở có thể dẫn đến sự cố vận hành của máy; đồng thời cần kiểm tra xem các vòng đệm làm kín và phớt có bị lão hóa hoặc hư hỏng hay không để kịp thời thay thế, tránh rò rỉ. Việc kiểm tra các đường dây điện cũng không được bỏ qua. Các mối nối dây điện cần được giám sát thường xuyên nhằm đảm bảo chúng được kết nối chắc chắn, đồng thời thay thế ngay khi chúng bị lão hóa để tránh các sự cố về điện.
Giá trị áp suất không khí của hệ thống khí nén trên máy chiết rót phải được giám sát và điều chỉnh nếu quá cao hoặc quá thấp. Tốc độ và độ chính xác khi chiết rót có thể bị ảnh hưởng tiêu cực nếu áp suất không khí thấp, trong khi áp suất cao có thể làm hỏng các bộ phận bên trong. Độ ẩm gây hại cho các bộ phận khí nén; do đó, hệ thống khí phải được giữ khô bằng cách xả nước khỏi bộ lọc khí. Tương tự như vậy, cần kiểm tra định kỳ thể tích chiết rót, chức năng hoạt động của các thiết bị và sự vắng mặt của các tiếng ồn bất thường phát ra từ các bộ phận trong quá trình chiết rót, hoặc thực hiện chiết rót thử — điều này giúp nâng cao độ tin cậy của thiết bị về mặt độ chính xác và độ ổn định.
Cuối cùng, hãy duy trì một bộ hồ sơ mạch lạc về loại linh kiện được thay thế và các công việc bảo trì đã thực hiện, đồng thời đảm bảo khả năng tra cứu chéo dễ dàng trong tương lai. Ngoài ra, cần thường xuyên báo cáo về tình trạng và điều kiện hoạt động của thiết bị được giao cũng như các công việc bảo trì liên quan tới bộ phận hỗ trợ kỹ thuật hoặc nhà sản xuất để nhận sự hỗ trợ kỹ thuật cần thiết. Các biện pháp bảo trì này không chỉ giúp máy chiết rót duy trì hiệu suất cao mà còn kéo dài tuổi thọ của máy.

